1. دفتر حفظ و نشر آثار آیت‌الله مهدوی‌کنی(ره).
2. الهیات، معارف اسلامی و ارشاد: فقه و مبانی حقوق اسلامی، علوم قرآن و حدیث، فلسفه و کلام اسلامی، معارف اسلامی، فقه محیط زیست، اجتهاد، انسان پژوهی، فقه نظام اجتماعی و سایر موضوعات مرتبط.
3. معارف اسلامی و اقتصاد: اقتصاد پولی و مالی، اقتصاد انرژی، اقتصاد سیاسی، اقتصاد اسلامی، دیپلماسی اقتصادی، الگوی اسلامی ایرانی پیشرفت، اندیشه های اقتصادی، فقه اقتصاد، اقتصاد توسعه بین‌الملل، مالی اسلامی، اقتصاد شهری، اقتصاد فناوری اطلاعات و ارتباطات، گردشگری، توسعه، زمین و مسکن، حمل و نقل، آموزش، کشاورزی، امنیت غذایی، امنیت اقتصادی، فساد اقتصادی و  سایر موضوعات مرتبط.
4. معارف اسلامی و حقوق: اصول و قواعد فقهی، حقوق جزا، حقوق بشر و شهروندی، حقوق تجارت، حقوق مدنی، حقوق خصوصی، حقوق بین الملل، مالکیت معنوی، حقوق جنایی، حقوق کیفری، فلسفه حقوق، داوری، حقوق اساسی، حقوق عمومی، حقوق رسانه و ارتباطات و سایر موضوعات مرتبط؛
5. معارف اسلامی و علوم سیاسی: روابط بین الملل، مطالعات انقلاب اسلامی، فلسفه سیاسی، هویت، مطالعات منطقه، جهان اسلام، جامعه شناسی سیاسی، فضای مجازی، فقه سیاسی، روش شناسی، تاریخ سیاسی ایران معاصر، مطالعات امنیت، مطالعات آمریکا، مطالعات اوراسیا، مطالعات فرانسه، مطالعات فلسطین، روش شناسی و  سایر موضوعات مرتبط.
6. معارف اسلامی و فرهنگ و ارتباطات: ارتباطات و تبلیغ، فرهنگ و تمدن، فرهنگ و دولت، فرهنگ و تربیت، فرهنگ و هنر، ارتباطات میان فرهنگی، تاریخ و تمدن، رسانه جهان اسلام، افکار عمومی و ارتباطات سیاسی، مطالعات فرهنگی تشیع، مطالعات اجتماعی نوصدرایی، دیپلماسی فرهنگی و آموزش مجازی، حقوق و فرهنگ ارتباطات، فرهنگ و تربیت اسلامی و سایر موضوعات مرتبط.
7. معارف اسلامی و مدیریت: بازرگانی، صنعتی، دولتی، مالی، مطالعات حکمرانی، مدیریت اسلامی و سایر موضوعات مرتبط.
8. مرکز زبان‌: ادبیات فارسی، عربی، انگلیسی، فرانسه و سایر زبان‌ها.
9. پردیس خواهران.
10. اداره کل خدمات و تشکل‌های پژوهشی: میان‌رشته‌ای و فرا دانشکده‌ای.
11. مرکز رشد.
12. معاونت آموزش و تحصیلات تکمیلی: درسنامه‌های تحصیلی.
13. اداره کل نشر و ترویج آثار علمی.